基础实验中心下设18间实验室，拥有电感耦合等离子体质谱仪、同位素测定仪、原子吸收光谱仪、气相色谱仪、液相色谱仪、激光粒度分析仪、流动分析仪、总有机碳分析仪、离子色谱仪等40多台大中型实验测试仪器，总投资超过5000万元。现有设备可完成土壤、水、固体废物、原粮和微生物等共计500余种相关指标的测定。